1997年馬刺用狀元簽選中了鄧肯，他出道即巔峰，新秀賽季就入選了一陣二防，自選中他後馬刺逐漸發展成了豪門，從97-98賽季開始他們連續22個賽季打進總決賽，從99年到14年間進了六次總決賽拿了5個總冠軍，但沒有一次拿下連冠，那麼他們在奪冠第二年都敗給誰了呢？
98-99賽季二年級的鄧肯和「海軍上將」大衛-羅賓遜組成的雙塔帶領馬刺奪得隊史首冠，99-00賽季鄧肯在出戰74場比賽後因為半月板撕裂賽季報銷，缺席了季後賽，馬刺雖然在例行賽排在西部第四，但在季後賽首輪就敗給了太陽，慘遭首輪遊。
OK組合領銜的湖人從00年到02年完成了三連冠再次建立紫金王朝，在此期間馬刺在保留雙塔的同時選中了帕克、吉諾比利，2003年鄧肯連續第二年拿下MVP並親手搗毀了紫金王朝，在西部半決賽4-2送走了湖人，並最終奪冠，賽季結束後大衛-羅賓遜退役。同年休賽期湖人簽下了佩頓和馬龍兩位名人堂球員。2004年季後賽第二輪湖人和馬刺再次相遇，前四場雙方大比分戰平，天王山之戰費雪上演了0.4秒絕殺，湖人拿下賽點。G6科比砍下26+7+7，歐尼爾拿下17+19+5蓋帽，馬刺以2-4敗給了湖人。
04-05賽季馬刺捲土重來，總決賽4-3擊敗活塞奪冠，鄧肯拿下了生涯第三座FMVP。05-06賽季馬刺豪取63勝19敗居西部第一。季後賽第二輪牛馬大戰再次上演，首戰鄧肯拿下31分13籃板馬刺兩分險勝。G2馬刺慘敗了22分，G3鄧肯在比賽還有1分05秒時六犯畢業，馬刺一分惜敗，鄧肯空砍35分12籃板。G4雙方鬥到了加時賽，帕克得到33分，鄧肯獨攬31分13籃板6助攻3蓋帽，吉諾比利砍下26分，但馬刺還是輸掉了比賽，小牛拿下賽點。G5還剩1分59秒時吉諾比利搶斷諾維茨基並造成後者犯規，兩罰中一後馬刺領先一分，此後雙方都未得分，馬刺險勝一分，鄧肯轟下36分12籃板3阻攻。G6妖刀出鞘砍下26分10籃板3搶斷，馬刺扳平大比數。搶七大戰鄧肯在加時賽7中1僅得2分，馬刺輸掉了比賽，全場比賽諾維茨基爆砍37分15籃板，鄧肯空砍41分15籃板6助攻3阻攻。
雖然這輪系列賽鄧肯場均32.3分11.7籃板3.7助攻1抄截2.6阻攻，數據優於諾維茲基的27.1分13.3籃板2.7助攻1.4抄截0.4阻攻，55.6%的命中率也略高於諾天王的52.7%，但最終還是功虧一簣，以3-4輸掉了比賽。
2007年馬刺再登巔峰，4-0橫掃了詹姆斯的騎士奪得隊史第四冠。2008年2月，馬刺的老對手湖人通過交易得到了加索爾，馬刺主教練波波維奇暴怒的稱這是“搶劫”，他太知道巔峰科比加上一個全明星內線會有怎樣的威力了。西部決賽再次在馬刺與湖人之間展開，G1科比21中11貢獻27分5籃板9助攻，讓鄧肯空砍了30分18籃板4阻攻。G2科比拿下17中10拿下22分5籃板5助攻，湖人狂勝三十分。G3吉諾比利拿下30分，鄧肯和帕克雙雙砍下20+，馬刺大勝19分，讓柯比23中13空砍了30分5籃板3抄截。G4科比全場零罰球，29投4投14中砍下28分10籃板，湖人兩分險勝，鄧肯空砍29分17籃板3抄截3阻攻。G5飛俠30中16爆砍39分，帶領4-1送走了馬刺，時隔四年重返總決賽。五場比賽Kobe場均罰球僅2.2次便砍下雙方中最高的29.2分，投籃命中率為53.3%，幾乎以一己之力讓衛冕冠軍馬刺飲恨西決。
2014年馬刺4-1輕取熱火拿下隊史第五冠。14-15賽季鄧肯老當益壯入選三陣二防，倫納德拿下最佳防守球員併入選一防，馬刺拿下55勝，但是受限於當時的規則，馬刺在狂野西部只能排到第六，季後賽首輪就與「空接之城」快艇相遇。G1保羅拿下32+7+6，快艇大勝15分。G2鄧肯拿下28+11，萊納德貢獻23分，馬刺扳回一城。G3倫納德砍下32分，馬刺狂勝27分。G4保羅貢獻34分7助攻，雙方大比分來到了2-2。天王山之戰鄧肯得到21+11，讓給力芬空砍30分14籃板7助攻4抄截。G6格里芬得到26分12籃板6助攻4阻攻，快艇再度扳平大比數。搶七大戰保羅在鄧肯面前上演了絕殺，馬刺兩分惜敗，最終以3-4止步首輪，再次無緣衛冕。